อำนาจและหน้าที่ความรับผิดชอบ
ด้วยนโยบายการค้าระหว่างประเทศเป็นระบบการค้าแบบเสรี การเปลี่ยนแปลงทางเทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร นำไปสู่การประกอบธุรกรรมผ่านสื่ออิเล็กทรอนิกส์มากขึ้น ทำให้การติดต่อการค้ามีความสะดวกและรวดเร็ว กรมศุลกากรจึงต้องปรับเปลี่ยนบทบาทจากเดิมที่เน้นการจัดเก็บภาษีมาเป็นหน่วยงานเพื่อสนับสนุนความสามารถในการแข่งขันของประเทศและปกป้องความปลอดภัยของสังคม ดังวิสัยทัศน์กรมศุลกากรที่ว่า "ศุลกากรมาตรฐานโลก เพื่อเพิ่มความสามารถในการแข่งขันของประเทศและปกป้องสังคม" มีผลให้กรมศุลกากร กำหนดอำนาจและหน้าที่ความรับผิดชอบ รวมทั้งพื้นที่ในเขตท้องที่ที่รับผิดชอบของด่านศุลกากร (ตามคำสั่งทั่วไปกรมศุลกากรที่ 15/2551 ลงวันที่ 11 กรกฎาคม 2551) ดังต่อไปนี้

1. ดำเนินการเกี่ยวกับการปฏิบัติพิธีการศุลกากร การจัดเก็บภาษีอากรและรายได้อื่นสำหรับสินค้านำเข้าและส่งออก และของติดตัวผู้โดยสาร การคืนอากรที่มิใช่กรณีตามมาตรา ๑๙ ทวิ แห่งพระราชบัญญัติศุลกากร (ฉบับที่ ๙) พุทธศักราช ๒๔๘๒ และที่แก้ไขเพิ่มเติม รวมทั้งการควบคุมและตรวจสอบสินค้านำเข้าและส่งออก สินค้าถ่ายลำ สินค้าผ่านแดน และของติดตัวผู้โดยสารตามกฎหมายว่าด้วยศุลกากรและกฎหมายอื่นที่เกี่ยวข้อง
2. ดำเนินการเกี่ยวกับสิทธิประโยชน์ด้านคลังสินค้าทัณฑ์บน และเขตปลอดอากรตามกฎหมายว่าด้วยศุลกากร เขตอุตสาหกรรมส่งออกตามกฎหมายว่าด้วยการนิคมอุตสาหกรรมแห่งประเทศไทย และสิทธิประโยชน์ตามกฎหมายอื่นที่เกี่ยวข้อง
3. สืบสวนและปราบปรามการกระทำความผิดตามกฎหมายศุลกากรและกฎหมายอื่นที่เกี่ยวข้อง และดำเนินการเกี่ยวกับการทบทวนเอกสารต่าง ๆ หลังผ่านพิธีการศุลกากร
4. ดำเนินการเกี่ยวกับคดีทางศุลกากร ของกลางและของตกค้างที่อยู่ในความรับผิดชอบ
5. วิเคราะห์และประเมินความเสี่ยงในการกระทำความผิดตามกฎหมายว่าด้วยศุลกากร และกฎหมายอื่นที่เกี่ยวข้องกับการนำเข้าและส่งออกซึ่งสินค้าและของติดตัวผู้โดยสาร รวมทั้งจัดทำประเมินผลพัฒนาและปรับปรุงฐานข้อมูลด้านศุลกากรเพื่อใช้ในการบริหารความเสี่ยง
6. ประสานงาน ให้ความร่วมมือ และให้คำปรึกษาแนะนำในการอำนวยความสะดวกด้านการค้าระหว่างประเทศ
7. ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย
นอกจากนี้ ด่านศุลกากรท่าอากาศยานภูเก็ต ยังมีภารกิจในการตอบสนองวิสัยทัศน์และยุทธศาสตร์ ของจังหวัดภูเก็ตที่มุ่งเน้นให้จังหวัดภูเก็ตเป็นศูนย์กลางการท่องเที่ยวชั้นนำของโลกอีกส่วนหนึ่งด้วย